Madara du clan Uchiwa est sans conteste le personnage le plus mystérieux du manga. On ne sait encore que très peu de choses sur lui. Fondateur de Konoha et du clan Uchiha, il se serait finalement battu avec le Premier Hokage qui l'aurait défait. C'est également le premier à avoir développé le mangekyou sharingan.
Itachi révèle que Madara est encore vivant et qu'il l'a aidé à massacrer son clan; ce serait également lui qui aurait "lâché" Kyuubi sur Konoha, son sharingan lui permettant de maîtriser les bijuus. On apprend également que ce pouvoir rend progressivement aveugle, ce qui a contraint Madara a prendre les yeux de son frère pour remplacer les siens. Mais Madara devrait être mort depuis longtemps, le village de la feuille ayant été fondé il y a déjà plusieurs générations. Comment peut-il être encore en vie ?
Quoiqu'il en soit, Madara serait en fait le véritable leader de l'akatsuki qui lui sert en réalité de paravent pour ses objectifs.